分校属于挂着本校的牌子，独立运作，和本校的关系属于合作关系，并不受本校的管理约束；校区是直属本校，由本校直接管理、负责，由同一个校长管理，其教学和管理都纳入统一考核。分校和校区的区别为：是否独立办学、是否独立招生和学位证区别，其具体内容如下：
1、是否独立办学。
一般情况下，绝大部分的“分校”都与“本部”在教务管理方面相对独立，教学资源会共享。而“分校区”则大多数与“本部”除了地理区位不同外，其余方面皆保持一致，并且在各方面都直接受“本部”的管理与领导。“分校”与“分校区”，前者更强调组织机构关系的“分立”，后者则相反，“分校区”强调的是统一。
2、是否独立招生。
“分校区”一般没有独立招生的权力，其生源还是来自本部统招，再根据实际情况需要，按专业或者年级分配到不同的校区进行教学，所以分校区的生源质量有极好的保证；而大多数分校性质都属于民办独立院校，其招生工作基本独立于校本部，因此录取分数线也会低于校本部。
3、学位证上的区别。
最开始的“分校”和“分校区”，除了毕业证，本科学位证必须由校本部统一颁发，证书的封皮样式和文字与校本部毫无差别，证书内芯同样加盖本部公章和本部校长印，除了部分文字上关于毕业学校的表述会有区别。自2011年，独立分校开始陆续颁发自己的学位证书。