邓姓主要有五大来源，一是源自黄帝时代的古邓国；二是源自姒姓，为夏禹的后裔；三是源自子姓，为商朝皇族的裔孙；四是源自李氏；五是源自外族基因的融入。
1、邓国古址在今山东菏泽的邓之墟，古邓国之后的邓氏至少有5000年的历史。邓国国君邓伯温是黄帝的大臣，可见当时邓国的地位十分显赫。
2、大约在公元前2070年大禹建立了中国第一个王朝夏朝。禹传位启，启传位太康，太康传位仲康。仲康封其庶出之子于邓，邓国在今河南省孟州西的古邓城，因在黄河北岸，也称河北的邓。在公元前1250一公元前1192年是商王武丁时代，也是商朝中兴时期，武丁对夏的属国和部落大举征伐，姒姓邓国也在此时期被灭。子孙被迫向东南迁于今河南省郾城东南的邓城，春秋时为蔡国之地，因在黄河之南，也称河南的邓,姒姓邓氏至少有4000年的历史。
3、商王武丁灭了姒姓邓国，随之封其叔父曼季于河北的邓，并赐姓曼，侯爵，今河南孟州西的古邓城。周武王于公元前1046年灭商,子姓邓国被迫南迁湖北襄樊北的古邓塞，公元前678年楚文王灭邓祁侯，邓国亡，子孙以邓为氏。邓人北迁定居于今河南邓州，在西汉时形成了著名的南阳望族。曼季是邓姓族人公认的始祖，子姓邓氏是组成汉族邓姓群体的主要成员，其历史至少有3200多年。
4、五代十国时期的南唐后主李煜的第8子李从镒，受封为邓王。公元975年南唐为北宋所灭后，宋太宗下令缉拿南唐宗室，李从镒之子天和出逃，以父亲封地为氏，其后世子孙遂称邓氏。
5、邓姓人群的形成比其他姓人群要复杂，外族的融入在西周初已经开始。当周武王灭商时，主攻商朝邓国的为北狄族的隗姓人，占领邓国以后隗姓人人主邓国。近代考古发现陕西出土的西周初期的青铜器有娩姓邓器，婉即隗，可证当时存在隗姓邓氏。这支邓氏不久离开中原西迁到甘川边境的邓至，今四川甘肃分界岭摩天岭南的羌人地区，形成邓至羌。
三国两晋南北朝时期，邓至羌在西部十分活跃，直到北周时才被灭，邓至羌人大部分融入当地的汉民中。其中一支南下进人云南形成唐朝时西南的勿邓国，勿邓国人有一部分融入四川凉山地区的彝族，彝族中的邓姓来自勿邓人。