秦桧是病死的。绍兴二十五年，秦桧病死，被封申王，谥号忠献。秦桧病危后，高宗曾亲自前往探望。在确定了其病症无法医治、利用价值已终时，便下了旨意：夺去秦桧及其儿子秦熺的官职。当晚，秦桧就一命呜呼了。
秦桧死后，秦家从此失势，使长期被压抑的抗战派感到为岳飞平反昭雪有了希望，要求给岳飞恢复名誉。后来宋孝宗为鼓励抗金斗志，给岳飞平反，将秦桧列为致使岳飞之死的罪魁祸首，秦桧后被祇夺王爵，改谥缪丑。相传民间为解秦桧之恨，用面团做成他的形像丢入油锅里炸，称之为油炸桧，后来演变成今日的油条。
典故：秦桧杀岳飞，罪名：莫须有
绍兴和议之后，秦桧唆使其同党万俟卨向宋高宗呈上一道捏造岳飞抗金时拥兵不救、放弃阵地等许多“罪名”的奏折。此后秦桧再收买张俊、王贵、王俊去诬告岳飞儿子岳云曾写信给张宪，欲与之共同发动兵变。
绍兴十一年九月，张宪被捕入狱；十月岳飞、岳云两父子也被骗入狱。已经辞官在家、明哲保身的老将韩世忠忍不住，去问秦桧岳飞何罪，秦桧含糊地回答：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有?”韩世忠气愤地说：“‘莫须有’三字，何以服天下！”是年十二月，高宗赐死了岳飞。