是可以自主选择的，但一般说来考生在当初选定专业时，就已对应好相关的主考院校，例如考生选择B020110这个专业代码，即选择了独立本科段的国际贸易作为自己的专业，而这个专业代码只对应广东外语外贸大学，此后考生在每一次考试时都需要将此专业代码填到考卷上。
也就是说，主考院校选哪个具体还要看考生选择什么样的专业，一般来说一个专业只对应一个主考学校，但部分专业因其特殊性会有几个主考学校，如中山大学因退出自考舞台，其原先开设专业也转移至其它几个主考院校，其中的行政管理学、计算机及应用等都有多个主考学校。自考的流程是怎么样的？
一、选专业
想要自考的话，首先要确定你想考的专业和学校。可以根据自己工作经历以及实际水平来选择适合自己的学校，一个专业对应一个主考院校。
二、确定当年要考的课程
自考大部分地区一年考两次，个别地区一年考4次。一般每次可以最多报4科，一年最多可考8科。如果你很努力，每一科都一次性通过的话，那么很幸运，加上写论文，最快可两年半毕业。多久能考完，完全取决于自己每次报几科、过几科。
三、买资料复习
如果你是自己买书学，首先要先去你们省的自考招生网查询相关的教材，然后按照它指定的科目及教材进行购买。买完材料之后就是复习了，首先你要确定好今年要考哪几门科目，然后按照顺序来进行复习。
四、网上报名
网上报名一般都是在考试前的两个月开始，各省的教育考试院会发出报名通知，到时按照操作步骤报名即可。初次报名的自考新生要先进行预报名录入个人信息后才可正式报名。
五、查询成绩
成绩查询一般在考完试之后的一个月左右，考60分以上就可以通过了。等到全部科目考完并通过之后，你就可以申请毕业了。如果自考本科的话，还有一个论文答辩的环节，毕业的时间也会更久一点。
六、申请毕业
自考生通过全国考试科目，并在符合申请毕业条件的情况下申请毕业，携带身份证、准考证以及在学信网下载的你之前的学历电子备案表，到当地的自考办申请毕业。